پس از اتصال آنتی بادی ها به آنتی ژن در نمونه بافت، آنزیم یا رنگ فعال می شود و آنتی ژن را می توان در زیر میکروسکوپ مشاهده کرد. ایمونوهیستوشیمی برای کمک به تشخیص بیماری هایی مانند سرطان استفاده می شود. همچنین ممکن است برای کمک به تشخیص تفاوت بین انواع مختلف سرطان استفاده شود